W tym okresie zaleca się unikanie białka zwierzęcego oraz pokarmów, które pozostając na ścianach jelit powodują wzdęcia czy gazy, utrudniając przeprowadzenie zabiegu (produkty mączne czy mleczne). Należy przyjmować dużo płynów, jeść jak najwięcej warzyw, zwłaszcza zielonych, wskazane są też kasze. Korzystnie na efektywność zabiegu hydrokolonoterapii wpływa przyjmowanie preparatów zawierających łuskę Babki Lancetowatej, takich jak np. Ispagul, Colon lub podobne. Dzień przed zabiegiem można zastosować łagodny, ziołowy środek przeczyszczający.