W okrężnicy bytują miliardy bakterii (takich jak pałeczki Escherichia coli, Aerobacter aerogenes, Clostridium welchii – pałeczki zgorzeli gazowej) . Liczba bakterii tworzących mikroflorę jelitową zwiększa się w miarę oddalania się od zastawki krętniczo-kątniczej. Ilość bakterii wydalanych z kałem może przekroczyć 30% masy jego stałych składników. Bakterie jelitowe można podzielić na korzystne i niekorzystne dla człowieka. Korzystne przyśpieszają proces trawienia produkując enzymy, które produkują niezbędne witaminy: K, B 12, biotynę, kwas pantotenowy, kwas foliowy i kwas nikotynowy. W trakcie procesów trawienia jelitowego powstają również gazy, jak metan, wodór, dwutlenek węgla, które wydalane są na zewnątrz lub wchłaniane z jelit do krwi.

W jelicie grubym jest również wytwarzany i wchłaniany amoniak, który jest produktem przemiany białka.

Przetrawione treści przechodzą przez jelito zstępujące, gdzie wchłaniana jest woda do esicy a następnie do odbytnicy. Zakończenia nerwowe sygnalizują do mózgu uczucie parcia i w tym momencie możemy decydować o swoim zdrowiu.