Po zabiegu hydrokolonoterapii, zwiększa się w jelitach ilość prawidłowej flory bakteryjnej jelit, jednakże korzystne jest pobudzenie odbudowy tej mikroflory przez podawanie probiotyków (np. Lakcid, Trilac, Lacium, Nutriplant, Bactum) przez kilka dni po zabiegu.

W celu odniesienia trwałych korzyści z zabiegu zaleca się dostosowanie diety do indywidualnego fenotypu ? tzw. dieta metaboliczna, dbanie o właściwą podaż płynów i zwiększenie aktywności fizycznej.